A pesquisa científica e tecnológica é parte integrante de um sistema de inovação. Desenvolveu-se um modelo de relacionamento e de cooperação conjunto com universidades e outras instituições de pesquisas no âmbito nacional e internacional, que fortalece o processo de inovação gerido pela CERTI. Esta iniciativa melhora os resultados dos projetos, permite uma constante transferência de conhecimento entre universidades, CERTI e empresas, e contribui para que a pesquisa científica e tecnológica seja consequentemente aplicada no mercado.

Dentre as instituições de pesquisa, destaca-se a forte relação com a Universidade Federal de Santa Catarina UFSC e com o Massachusetts Institute of Technology MIT, por meio do programa Industrial Liaison Program ILP